Santa Cruz Xoxocotlán se integra por una cabecera municipal y ocho agencias que son: San Juan Bautista la Raya, San Antonio Arrazola, Aguayo, Esquipulas, Ex garita, San Francisco Javier, San Isidro Monjas y San Jesús Nazareno. Cuenta con 38 localidades, dos de ellas con clave provisional.
Localidades del municipio de Santa Cruz Xoxocotlán
| No. | CLAVE | NOMBRE DE LA LOCALIDAD | LONGITUD | LATITUD | ALTITUD |
| 1 | 0001 | SANTA CRUZ XOXOCOTLÁN | 0964400 | 170135 | 1523 |
| 2 | 0003 | ARRAZOLA | 0964723 | 170223 | 1600 |
| 3 | 0007 | SAN FRANCISCO JAVIER | 0964639 | 170143 | 1580 |
| 4 | 0008 | SAN ISIDRO MONJAS | 0964455 | 170006 | 1537 |
| 5 | 0009 | SAN JUAN BAUTISTA LA RAYA | 0964326 | 165921 | 1514 |
| 6 | 0023 | LOMAS DE SAN JAVIER | 0964617 | 170142 | 1595 |
| 7 | 0024 | EL PARAÍSO | 0964632 | 170136 | 1572 |
| 8 | 0025 | SOR JUANA INÉS DE LA CRUZ | 0964435 | 170228 | 1588 |
| 9 | 0028 | LOS ÁNGELES | 0964510 | 170210 | 1587 |
| 10 | 0029 | BARRIO SANTA CRUZ (CERRO DEL CHAPULÍN) | 0964458 | 170231 | 1614 |
| 11 | 0032 | CAMINO ANTIGUO A COYOTEPEC | 0964334 | 170056 | 1520 |
| 12 | 0035 | COLONIA JUQUILITA (LOS MOGOTES) | 0964401 | 170048 | 1520 |
| 13 | 0039 | COLONIA CARRASCO ALTAMIRANO | 0964603 | 170131 | 1564 |
| 14 | 0043 | COLONIA COLINAS DE SAN JOSÉ | 0964542 | 170125 | 1555 |
| 15 | 0044 | COLONIA JERUSALÉN | 0964259 | 170135 | 1520 |
| 16 | 0045 | BARRIO LA CRUCECITA | 0964453 | 170211 | 1560 |
| 17 | 0046 | LOS PUENTES CUACHES | 0964420 | 165949 | 1516 |
| 18 | 0047 | AMPLIACIÓN FRANCISCO VILLA | 0964612 | 170135 | 1568 |
| 19 | 0048 | CAMINO A XOXOCOTLÁN ESTACIONAMIENTO TEQUIO | 0964256 | 170102 | 1520 |
| 20 | 0049 | COLONIA BENITO JUÁREZ | 0964540 | 170140 | 1623 |
| 21 | 0050 | LOMA DEL TANQUE (PARAJE DEL PALENQUE) | 0964523 | 170226 | 1641 |
| 22 | 0052 | COLONIA TENOCHTITLÁN (AMPLIACIÓN MONTEBELLO) | 0964515 | 170148 | 1583 |
| 23 | 0053 | LA PROVIDENCIA | 0964422 | 165935 | 1512 |
| 24 | 0054 | COLONIA 20 DE NOVIEMBRE | 0964610 | 170140 | 1593 |
| 25 | 0055 | COLONIA EL PERIODISTA | 0964455 | 170206 | 1569 |
| 26 | 0056 | COLONIA LAS ÁGUILAS | 0964445 | 170226 | 1592 |
| 27 | 0057 | LA FLORIDA | 0964644 | 170126 | 1566 |
| 28 | 0059 | EL NUEVO MANANTIAL | 0964633 | 170121 | 1560 |
| 29 | 0062 | SAN MIGUEL ARCÁNGEL | 0964601 | 170142 | 1641 |
| 30 | 0063 | WENCESLAO VICTORIA SOTO | 0964703 | 170229 | 1600 |
| 31 | 0064 | CLARA CÓRDOBA MORÁN | 0964658 | 170246 | 1639 |
| 32 | 0065 | COLONIA LOS MANGALES | 0964653 | 170246 | 1640 |
| 33 | 0066 | COLONIA LOS NOGALES | 0964810 | 170232 | 1637 |
| 34 | 0067 | COLONIA OJO DE AGUA | 0964642 | 170231 | 1655 |
| 35 | 0068 | COLONIA SAN JOSÉ COMUNAL | 0964531 | 170202 | 1619 |
| 36 | 0069 | COLONIA VISTA DEL VALLE | 0964709 | 170147 | 1599 |
| 37 | 9998 | LOCALIDADES DE UNA VIVIENDA | |||
| 38 | 9999 | LOCALIDADES DE DOS VIVIENDAS | |||
